Spettrometria di Massa

Panoramica

L’infrastruttura mette a disposizione strumentazione e competenze all’avanguardia per una varietà di applicazioni, quali:

Proteomica bottom-up “shotgun”
Etichettatura SILAC pulsata
Secretomica
Proteomica esosomiale
Immunopeptidomica MHC
Analisi IP
Analisi dello stato redox dei solfidrilici

Il laboratorio fornisce protocolli standard per la preparazione dei campioni; rimane tuttavia possibile adattare o implementare nuove procedure per le esigenze specifiche di un utente. A tal fine, l’infrastruttura lavora in stretto contatto con diversi gruppi di ricerca presso l’IRB, lo IOR, l’EOC e altri partner di collaborazione esterni. Il laboratorio segue le norme di un laboratorio BSL2.

Il personale del laboratorio è inoltre impegnato nella propria ricerca, per lo sviluppo di nuove tecniche e strumenti sperimentali, al fine di aumentare costantemente le proprie competenze e la propria offerta.

Manager

Matteo Pecoraro
matteo.pecoraro@irb.usi.ch
+41 58 666 7060

Strumenti

Piattaforma di spettrometria di massa
- Sistema LC-MS/MS Thermo Scientific Q Exactive HF, che combina un filtro di massa a quadrupolo avanzato per un’elevata efficienza di isolamento, e un analizzatore di massa Orbitrap ad altissimo campo per scansioni rapide ad alta risoluzione. Questa combinazione consente un’elevata velocità di acquisizione con prestazioni analitiche eccezionali.
- La piattaforma è completata da un sistema HPLC Thermo Scientific EASY-nLC 1200 per la separazione cromatografica in fase inversa a nanoflusso, accoppiato allo spettrometro di massa (online) per una ionizzazione electrospray simultanea al processo di eluizione dei peptidi.

Thermo Scientific Q Exactive HF LC-MS/MS System — MS System

Analisi dei dati

L’elaborazione dei dati è eseguita da un sistema Windows, 44 core, 5 TB di spazio su disco rigido e 64 GB di RAM.
Il laboratorio offre un’analisi dei dati all’avanguardia con MaxQuant (software freeware di proteomica quantitativa), Skyline (MS mirata) o Spectronaut (DIA MS).
A seconda delle esigenze dell’utente, il laboratorio può fornire matrici annotate delle proteine quantificate, oppure offrire l’interpretazione dei dati e l’analisi statistica con Perseus (sofware freeware) o R (con pipeline progettate su misura).

Istituto di Ricerca in Biomedicina

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