Un nuovo studio che mappa la motilità delle cellule immunitarie in diversi organi e condizioni è pubblicato su EMBO Journal. Questo lavoro è il frutto di una collaborazione tra il gruppo di ricerca di González presso l’Istituto di Ricerca in Biomedicina (IRB, un Istituto affiliato all’USI Università della Svizzera italiana) e il gruppo di Pizzagalli e Krause dell’Istituto Euler, ed è sostenuto da SNSF/swissuniversities, offre una risorsa Open Data grazie al contributo di un consorzio internazionale.
La microscopia intravitale permette di osservare i movimenti delle cellule all’interno di organi e tessuti, per lunghi periodi di tempo ed ad alta risoluzione. Tuttavia, gran parte di questi dati rimane confinata in singoli laboratori di ricerca, limitando il riutilizzo, la standardizzazione e le analisi comparative su larga scala. Immunemap supera queste limitazioni fornendo una piattaforma Open Data e un atlante interattivo della motilità cellulare. Immunemap offre attualmente accesso a oltre 58.000 traiettorie cellulari singole e più di un milione di annotazioni di coordinate cellulari provenienti da oltre 400 video in diversi compartimenti anatomici e condizioni sperimentali. Grazie ad immunemap è stato possibile confrontare il comportamento delle cellule immunitarie in risposta a differenti stimoli, impostazioni di imaging o microambienti tissutali. Con la sua architettura cloud-based, Immunemap mette a disposizione un’interfaccia web interattiva per i ricercatori e un accesso programmatico, facilitandone l’integrazione in flussi computazionali. Oltre a sostenere la scoperta in ambito immunologico, la piattaforma funge da benchmark per l’analisi bioimaging, inclusi l’addestramento e la validazione di algoritmi di tracking e detection. Inoltre, aderendo ai principi FAIR e promuovendo l’interoperabilità tra comunità di immunologia, imaging e data science, Immunemap favorisce la ricerca riproducibile e la standardizzazione dei protocolli nella microscopia intravitale.
Systematic analysis of immune cell motility leveraging the open intravital microscopy database Immunemap
Pizzagalli, D. U. Carrillo-Barbera, P. Bansal, H. Palladino, E. Ceni, K. Thelen, B. Pulfer, A. Moscatello, E. Fiamma Cabini, R. Textor, J. M. N. Wortel I Immunemap, Consortium Krause, R. Fernandez Gonzalez, S.
in EMBO J (2025)
